Mutanti && superumani: i primi, capitanati dal professor Xavier (Stewart), costretto sulla sedia a rotelle ma dagli straordinari poteri telepatici, sono dei "diversi" che vivono in una comune, perchΘ gli umani li rifiutano.
I secondi, sono a uno stadio diverso dell'evoluzione umana: li guida Magneto (McKellen), un tempo amico di Xavier, e tra loro c'Φ Mystique (Romjin-Stamos), corpo blu, capelli rossi e il potere di trasformarsi in chiunque.
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In lotta tra loro (Magneto vuole conquistare il mondo), devono vedersela anche con un senatore repubblicano che vuole far passare il razzista Mutant Registration Act, l'obbligo di registrazione di tutti i mutanti.
Partecipano alla doppia sfida: dalla parte degli X-Men, Wolverine (Jackman), dalla sensibilitα e forza animalesca, Cyclops dallo sguardo che uccide (dai suoi occhi esce un laser potentissimo), Jean Gray (Janssen), dagli straordinari poteri telepatici e di telecinesi, Storm (Berry), in grado di controllare il tempo, Rogue, che pu≥ assorbire, con un semplice tocco, menti e memoria.
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Dall'altra parte, Toad, in grado di scalare muri e arrampicarsi ovunque, e Sabretooth (un Wolverine cattivo).
